إنطلاقاً من الأهمية التي توليها الوزارة لمراكز التميز البحثي وسعياً منها لأن تحقق المراكز المكانة العلمية الرائدة والمستحقة لها على الصعيدين المحلي والعالمي. أقرت الوزارة "البرنامج الدولي لتقويم مراكز التميز البحثي"، والذي يهدف إلى متابعة أعمال ونشاطات المراكز من خلال زيارات دورية لها.

ولتحقيق أقصى درجة ممكنة من الإستفادة من "البرنامج الدولي لتقويم مراكز التميز البحثي"، فقد تم الإتفاق مع إحدى المؤسسات العلمية العالمية للإشراف على البرنامج، وتم تكليفها بالقيام بزيارات دورية للمراكز من خلال عدة فرق من الخبراء من مختلف أنحاء العالم ومن الذين لهم إسهامات علمية في مجالاتهم البحثية.

يتشكل فريق التقويم لكل مركز من خمسة من الخبراء الدوليين، إثنان منهم متخصصون في مجال إدارة مراكز أبحاث علمية، والثلاثة الآخرون متخصصون في مجال المركز البحثي.  والهدف من ذلك التنوع هو النظر بشمولية للمركز سواء من حيث سير العمل فيه وإدارته أم من حيث أهمية ونوعية المجالات البحثية التي يقوم عليها المركز.

يبلغ عدد مراكز التميز البحثي المدعومة من الوزارة خلال المرحلتين الأولى والثانية، أربعة عشر مركزاً بحثياً. حيث تم خلال المرحلة الأولى دعم ثمان مراكز، وذلك كالتالي:

1.    مركز التميز البحثي في المواد الهندسية.

2.    مركز التميز البحثي في الجينوم الطبي.

3.    مركز التميز البحثي في تكرير البترول والبتروكيماويات.

4.    مركز التميز البحثي في النخيل والتمور.

5.    مركز التميز البحثي في التقنية الحيوية.

6.    مركز التميز البحثي في الدراسات البيئية.

7.    مركز التميز البحثي في الطاقة المتجددة.

8.    مركز التميز البحثي في الحج والعمرة.

بينما تم دعم ستة مراكز خلال المرحلة الثانية وذلك كالتالي:

1.    مركز التميز البحثي في تعليم العلوم والرياضيات .

2.    مركز التميز البحثي في التاَكل. 

3.    مركز التميز البحثي في فقة النوازل المعاصرة.

4.    مركز التميز البحثي في تحلية المياة.

5.    مركز التميز البحثي في هشاشة العظام.

6.    مركز التميز البحثي في أمن المعلومات.

برنامج الزيارات الدورية يشتمل على زيارتين لكل مركز، بحيث تتم الزيارة الأولى بعد مضي سنة من تاريخ إنشاء المركز، وتهدف إلى تقويم مراكز التميز البحثي من حيث النظر في:

§       مدى إلتزام المراكز بالأهداف والمهام التي تم الإتفاق عليها بحسب العروض والعقود الموقعة مع الوزارة.

§       جودة البرنامج البحثي للمركز ومدى مواكبته للتوجهات العالمية في مجال موضوع المركز.

§       فاعلية الإجراءات الإدارية والمالية المتبعة في إدارة المركز.

و تتم الزيارة الثانية بعد مضي ثلاث سنوات من تاريخ إنشاء المركز، وتهدف إلى تقويم مراكز التميز البحثي من حيث النظر في:

§       قياس وتقويم مخرجات وإنجازات المركز.

§        الأهمية والأثر المتوقع لمخرجات وإنجازات المركز.

§       الخطط المستقبلية للمركز.